Mit der Auffaltung der Alpen schnitten sich parallel dazu Flüsse in den Untergrund ein und spülten den gesamten Schutt ins Mittelland. Die Bestandteile der Kalknagelfluh sind gerundete Kalkgerölle; sie wurden einst durch Wasser transportiert. Kalk, welcher in der Natur oft vorkommt, verbindet die Gerölle zu einem harten, festen Gestein, welches sich am ehesten mit Beton vergleichen lässt.

Die groben Konglomerate der Molasse werden als „Nagelfluh“ bezeichnet. Die Molassekonglomerate sind Ablagerungen von Flusskiesen, die dort, wo die alpinen Urflüsse aus dem jungen alpinen Gebirge austraten und riesige Schuttfächer bildeten. Die Flüsse bildeten weit verästelte Rinnensysteme, die durch subtropisch-feuchte Auenwälder flossen.

Der Geröllinhalt widerspiegelt die Gesteinsschichten, die damals gerade an der Oberfläche abgetragen wurden. Damit ist der Geröllinhalt genau umgekehrt zur alpinen Deckenstapelung. Man könnte also sagen, dass die Molasse das Spiegelbild der alpinen Gebirgsbildung ist.

Die meisten Molassekonglomerate sind „polymikt“, d.h. sie enthalten unterschiedliche Gesteinsarten in Geröllform. Die Kalknagelfluh allerdings ist lediglich aus Kalkgeröllen zusammengesetzt.